L'archivio del Museo è costituito da numerosi lasciti e donazioni che negli anni hanno permesso il realizzarsi di depositi di materiali di diversa natura: fotografie, quadri, armi, esemplari faunistici impagliati, campioni etnologici e mineralogici e reperti archeologici.

L'archivio fotografico, particolarmente ricco, presenta immagini del territorio, relative ai principali avvenimenti storici e sociali, databili dalla fine del XIX secolo fino agli anni Settanta. Fra gli autori presenti si ricordano C. Armani, C. Mayer, S. Pozzini e Unterweger.

L'accesso all'archivio è possibile mediante la compilazione dell'apposita richiesta negli orari d'ufficio del Museo.