I progetti ideati dal Museo definiscono l'orizzonte della ricerca in campo storico-archeologico e in campo artistico.

Da un lato il Laboratorio storico-territoriale che, nella sua articolazione in Carta archeologica del territorio gardesano e Paesaggi del Garda, è volto a proporre immagini del territorio che verranno componendosi dalla ricerca in campo archeologico, storico e architettonico.

Dall'altro i progetti legati alle esperienze artistiche contemporanee e alle loro molteplici declinazioni, che vedono ricerca plastica, fotografia e pittura in dialogo con il paesaggio altogardesano.